بنا بر برخی اسناد و روایات اولین کسی که الاقصی را بنا کرد حضرت آدم (ع) بود که مساحت آن تاکنون تغییری نکرده است، سپس ابراهیم (ع) 2 هزار سال پیش از میلاد آن را بازسازی کرد و بعد فرزندانش اسماعیل و یعقوب. حضرت سلیمان (ع) نیز 1 هزار سال پیش از میلاد آن را تجدید بنا کرد.
مسجدالاقصی دارای 5 دروازه قفل و 10 دروازه باز است که باب الاسباط، باب حطه، باب شرف الانبیاء ( فیصل)، باب الغوائمه ( الخلیل)، باب الناظر، باب الحدید، باب القاطنین، باب المتوضأ ( المطهره)، باب السلسله، باب المغاربه از دروازه های باز هستند. باب المغاربه در دیوار غربی مسجدالاقصی واقع شده و بر بالای تپه ای خاکی قرار دارد که به دیوار چسبیده که گذرگاهی برای ورود نمازگزاران است، این منطقه نیز به منطقه المغاربه معروف است که یهودیان سعی در اشغال آن دارند تا معبری برای یهودیان به مسجدالاقصی باشد.
مساحت آن 144 هزار متر مربع است که دیوارهای جنوبی و شرقی از قدس قدیم آن را احاطه کرده است. مسجدالاقصی بر بالای تپه موریا در وسط شهر قدس در فلسطین واقع شده که 15 در، 4 گلدسته، تعدادی نمازخانه، چاههای آب، ساختمان، مسجد جامع قبله ای، تعدادی قبه و قبة الصخره در بخش میانی را شامل می شود .
با توجه به اینکه مسجد در اسلام محل سجود گفته می شود، این بخش از زمین محدوده ای برای سجده و عبادت به شمار می رود که به تمام این محوطه مسجدالاقصی اطلاق می شود، بسیار مقدس است
در دوره های مختلف اسلامی نیز دو ساختمان اصلی در مسجدالاقصی بنا شد. اول مسجد قبله ای در جنوب و دیگری مسجد قبة الصخره در وسط که این دو مسجد داخل یک مسجد نیستند و همچنین هرکدام از آنها مسجدالاقصی نیستند، بلکه هر یک مسجدی در محوطه ای هستند که به آن مسجدالاقصی گفته می شود.
در مسجدالاقصی بناهای دیگری نیز وجود دارد که گفته می شود تعداد آنها به 200 اثر می رسد. تعدادی مدرسه، رواق، چاه، منبر و ستون.
ولی مهمترین اماکن محوطه مسجدالاقصی بدین شرح اند: 1 مسجد قبله ای، 3 نمازخانه المروانی، 5 مسجد قبه الصخره، 8 دیوار جنوب غربی،11 دیوار المغاربه، 12 دیوار البراق، 13 باب السلسله.
البته ناگفته نماند که از ۱۹۴۸ به بعد اشغالگران یهودی بخشهایی از مسجدالاقصی را تصاحب کرده اند، باب المغاربه از جلمه آنهاست که از زمان اشغال فلسطین بر آن سیطره یافتند و با یورشهای متعدد مانع از ورود مسلمانان به آن شدند، بخش دیگر دیوار البراق است که جزئی از دیوار غربی مسجدلاقصی به شمار می رود و آن را به دیوار المبکی تبدیل کردند که جایی برای عبادت یهودیان به شمار می رود و مانع از نزدیک شدن مسلمانان به آن می شوند.
همچنین مدرسه تذکریه که از سال 1969 اشغال و به اردوگاه سربازان یهودی تبدیل شد و مدرسه عمریه که به شهرداری اشغالگران ملحق شد. همچنین دو اتاقک برای عبادت بالای صحن صخره قرار داشت که آن را به نقطه ای برای دیدبانی پلیس اسرائیل در قلب مسجدالاقصی تبدیل کردند. دیوار الکرد جزئی از دیوار غربی مسجدالاقصی است که نام دیوار مبکی کوچک را به آن دادند.
